Ежелгі Жапонияда екі жауынгер касттары - самурай және ниндзя арасында үнемі соғыс болды. Сіз ойын Ninja Runner Ninjas орденінің жағында күреседі. Сіздің кейіпкеріңіз бір ормандағы самурай жасақтарын жасыра алатын жерде барлау жүргізу үшін бұйрықтың жетекшісінен тапсырыс алды. Сіздің кейіпкеріңіз батылдықпен орманға шықты және жол бойымен жүгірді. Оның жолында көптеген қауіп-қатерлер мен тұзақтар күтеді. Сіз өзіңіздің кейіпкеріңізді бақылап отырсаңыз, ол оған секіріп, осы тұзаққа түспеуі керек. Егер қарсыластармен кездессеңіз, олардың бәрін семсердің көмегімен жоюға тура келеді. Тек оның жолына түскен әр түрлі заттарды жинаңыз.
