Ежелгі Жапонияда мемлекеттің әртүрлі жауларымен және монстрлармен соғысқан ниндзя жауынгерлерінің ордені болды. Бүгін біз Ninja Defender ойынына кіріп, бір соғысқа ғибадатханаға кіруге және оның басшысының тапсырмасын орындауға көмектесетін боламыз. Біздің кейіпкеріміз ғибадатхана арқылы саяхаттап, оның залдарына енеді. Оған әртүрлі монстрлар шабуыл жасайды. Біздің кейіпкеріміз бумеранг сияқты қару-жарақтарды өте көп пайдаланады. Оны жаудың үстіне түсіріп тастасақ, біз оны ұрамыз, содан кейін объект кері қарай жүреді. Біз оны кейіпкерге аударуымыз керек және сол арқылы қайтадан тастанды. Егер бізде бұл уақыт жоқ болса, біз қаруды жоғалтып, раундтан айырыламыз.