Ежелгі Жапонияда ниндзя сияқты соғыстарды дайындаған арнайы храмдар болған. Сіз Ninja 3d Runs ойынында олардың біреуіне барып, бір ниндзяға әртүрлі жаттығулардан өтуге көмектесесіз. Бүгін сіздің кейіпкеріңіз басқа ниндзялармен бірге арнайы салынған кедергілерден өтіп, мәреге бірінші жетуі керек. Сіз оның әрекеттерін басқарасыз. Сіз көптеген кедергілерден өтіп, әртүрлі кедергілерден өтіп, ниндзяның жарыста жеңіске жетуіне көмектесетін көптеген әрекеттерді орындауыңыз керек.
