Маусымдық шайқастар Нарутодағы еркін жекпе-жекте басталады: 2-маусым. Шайқасқа кіру: Наруто Узумаки, Сасуке Учиха және Какаши. Сіз қарсыластарыңызды жеңуге көмектесетін батырды таңдаңыз және сіз шайқас тікелей басталатын жерге ауыстырыласыз. Бірнеше жау сіздің кейіпкеріңізге бірден шабуыл жасайды. Олар бір-бірден шығады, содан кейін топтарға бөлінеді. ZX пернелерінің көмегімен сіз истребительді шабуылдарды тойтаруға мәжбүр етуіңіз керек, ал бонустар мен деңгейлерден өтіп, өзіңізге шабуылдап, алға ұмтылу жақсы. Қарсыластарыңызды дәл соққылармен және соққылармен ұрыңыз. Ерекше қабілеттеріңізді Naruto Free Fight: 2-ші маусымда өте көп жаулар пайда болған кезде ғана қолданыңыз.
