Матрицада бірнеше прототиптер жасалды және олардың бірі 09435 нөмірі ең сәтті болып шықты. Бұл сандық бала, ол таңғажайып түрде тез дами бастады және көп ұзамай ол сыртқы әлемді зерттегісі келді. Ол матрицадан шығудың жолын тауып, Prototype Guy жолына шықты. Жасампаздар жігітке кедергі жасамауды шешті, олар сізден кедергілерді жеңіп, бейімделуге көмектесуіңізді сұрайды. Өткір шыбықтардан және шаршы роботтардан секіру керек. Айтпақшы, роботтарды олардың үстіне тікелей секіру арқылы жоюға болады. Егер кедергі еңсерілмесе, кейіпкер Прототип жігітінде қайтадан бастайды.
