Ниндзя жорықтан жаңа ғана оралды және ол оқыған өзінің туған монастырына және оған үлкен білім беріп, денесі мен рухын басқаруға үйреткен сүйікті ұстазына баруды ұйғарды. Ол монахтарды түңілу және үлкен көңілсіздікте тапты. Бір күн бұрын қызыл самурай монастырға шабуыл жасап, рундары бар көне тастардың коллекциясын ұрлап кеткен. Бұл ғибадатханада ғасырлар бойы сақталған қасиетті тастар. Кейіпкеріміз ұрланғанның бәрін қайтаруға ант етіп, бірден жолға шықты. Ninja Run кейіпкеріне оның қасиетті миссиясын орындауға көмектесіңіз. Ниндзя жүгіреді, сіз оған тастарды жинап, уақытында кедергілерден және жаулардан секіруге көмектесесіз.
