Pandemic 2 ойынының екінші бөлігінде сіз бүкіл адамзатты өлімге әкелетін пандемия ретінде жою миссияңызды жалғастырасыз. Ойын аурудың түрін таңдаудан басталады: вирус, бактерия немесе паразит. Содан кейін сіз инфекцияның басталу нүктесін таңдайсыз. Сол жерден ауруыңызды бүкіл әлемге таратуға тура келеді. Бүкіл әлемге тарай отырып, сіз өзіңіздің ауруыңызды жақсарта аласыз және оны адамдар одан зардап шекпеуі үшін жасай аласыз. Адамзат оны емдей алмайтындай етіп вирусыңызды үнемі өзгертіп отырыңыз. Осылайша сіз Pandemic 2 ойынында планетаның бүкіл халқын бірте-бірте жоясыз
