Counter-Strike: Reboot ойынының кейіпкері сіздің көмегіңізбен он екі миссияға қатысады. Мазмұн қатаң құпия сақталатындықтан, мақсаттар алдыңғы миссияны аяқтаған кезде ашылады. Біріншісі Альфа деп аталады және сіздің міндетіңіз сіздің базаңызды басып алғысы келетін террористердің шабуылына тойтарыс беру. Басқа миссияларда сізге басқа тапсырмаларды орындау керек болады, мысалы: кепілге алынғандарды босату, террористік базаларды жою, миналарды тазарту және т.б. Барлық миссиялар уақытпен шектелген, сізге Counter-Strike: Қайта жүктеуде мәселелерді тез және тиімді шешу керек.
